2和平保卫战

1999年，日本陆上自卫队的机器人小队在一次联合国维和行动中遭到全歼数年后，横浜大桥突然被战斗机炸毁，官方报导称肇事飞机属于自卫队。民众广泛对自卫队产生了不信任感。特车二课第二小队的后藤队长察觉此事与在99年的那场事件中失踪的自卫队队员柘植有关。而柘植是特车二课第一小队队长南云原来的恋人。民众的不信任感达到了顶峰，处于戒严状态的东京面临着大骚乱，人们被即将爆发战争的危机笼罩着。在自卫队王牌队员荒川的帮助下，后藤和南云追查到了柘植的下落。后藤招集起泉、篠原等特车二课原来的成员们，启动PATLABOR机器人进攻柘植的根据地……